Nel Bhutan, il clima è influenzato dall’altitudine, subtropicale nelle pianure, diventa progressivamente più freddo man mano che si sale sui pendii delle montagne. Il clima è inoltre influenzato dal monsone estivo, che porta piogge e nuvolosità diffusa per quasi sei mesi all’anno, soprattutto da giugno a fine settembre.
Sopra i 2.000 metri, l’inverno è piuttosto freddo, con temperature notturne sotto lo zero. Nella capitale, Thimphu, situata in una valle, ad un’altitudine che varia tra i 2.200 e i 2.600 metri, la temperatura media varia dai 5 °C di gennaio ai 20 °C nel periodo che va da giugno ad agosto. L’inverno è secco e soleggiato, ma a volte può nevicare. In estate, le piogge monsoniche sono abbondanti, tanto che in un anno cadono 1.400 mm di pioggia, di cui più di 250 mm cadono in giugno ed agosto, e fino a 370 mm in luglio. Nella vicina città di Paro il clima è simile.
Il Bhutan è troppo lontano dal mare per essere colpito direttamente dai cicloni tropicali, ma le code dei cicloni che colpiscono il Bangladesh possono causare forti piogge in pianura e nevicate in montagna.
I cicloni si verificano tipicamente da metà aprile all’inizio di dicembre, con maggiori probabilità in maggio-giugno ed ottobre-novembre.
I periodi migliori per visitare la parte montuosa del Bhutan sono la primavera e l’autunno, ed in particolare da marzo-aprile e da metà ottobre a metà novembre. Durante l’estate, le piogge possono rendere le strade fangose, quindi viaggiare può essere difficile, e le nuvole nascondono spesso le cime delle montagne. In inverno il tempo è generalmente buono, ma in montagna fa freddo, e la neve che cade ad alta quota può bloccare alcuni passi.